嫌気性（Anaerobic）発酵はここ数年非常に人気の後処理精製方法であり、通常コーヒーチェリーを密閉容器に入れるか、水洗槽に入れて水中で発酵させる。この過程で異なる微生物による発酵を行い、特殊なフレーバーを生み出す。
嫌気性発酵を初めて耳にしたのは15年WBC大会で、オーストラリア出身のSasa Sesticによる嫌気性発酵の豆だった。SASAの出品豆は密閉発酵タンクに二酸化炭素を注入し、中の酸素を排出する。無酸素環境下ではコーヒーのペクチンやムシラゲ中の糖分の分解速度が遅くなり、PH値もより緩やかに低下し、発酵時間が長くなる。コーヒーの口当たりはよりまろやかになり、好気性発酵法と比べてクリーン度は低いが、ボディは高く、リンゴ酸／酒石酸がより多く生じる。
1、監視可能な完全密閉の不透明容器が必須であること；2、さらに容器を密封する。発酵とは糖をさまざまな化合物に変換しアルコールと二酸化炭素を生み出す過程であり、それにより密閉容器内に高圧が発生する。この高圧は種子がペクチン中のフレーバー物質を吸収するのに有利に働く；3、容器を室内に置き、室内の温度を厳格に管理する。温度と時間を制御することで容器の発酵度合いをコントロールできる。4、最後に容器へ二酸化炭素を継続的に注入し、酸素を排出する。発酵過程においてPH値は重要な参考指標であり、温度とPH値の変化を厳格に管理する必要がある。ペクチンとムシラゲ中の糖分がちょうど完全に消費されたところで、直ちに開封して発酵を中止し、すぐに日光下で乾燥させ、過発酵を避ける。ワイン精製方法は別名、二酸化炭素浸漬精製方法とも呼ばれ、ワイン醸造工程から着想を得ている。伝統的な工程ではブドウを圧搾してから発酵させてワインを造るが、これとは異なり、房ごとの赤ブドウをそのままCO2で満たされた密閉容器に投入し、緩やかな嫌気性発酵を経て、最終的に色はやや淡く、強い果実香を持ち、口当たりの極めて良いワインを得る。
この工程の概念をコーヒー精製過程に導入し、コーヒー豆から果肉と果皮を除去した後に発酵タンクへ入れ、二酸化炭素を通して酸素を排除したステンレス容器内で、密閉無酸素環境を作り出す。これによりコーヒーチェリーは発酵タンク内で厳格に管理された嫌気性発酵を経験し、コーヒーのより多くの芳香物質と良質な酸味を発展させる。「シェリー樽」はウィスキー業界においてシェリー酒廠が熟成に用いる樽である。シェリー酒はスペイン南部の陽光あふれるヘレス産地で生まれる著名な酒精強化ワインであり、シェリー酒の醸造過程では必ずソレラシステム（Solera System）による熟成という工程を経る。
ソレラシステムとは本質的に、シェリー酒を酒精強化した後、異なる年份のシェリー酒を混合して熟成させる過程を指す；ソレラシステムでは、すべての酒樽が年份に応じて層状に積み重ねられ、最下層が最も古い年份のシェリー酒、最上層が最も若いシェリー酒となる。毎年最下部の樽から一部の酒液を取り出して瓶詰め・販売に供し、さらにその上の層の樽から相応の割合の酒液を取り出して補充する。
そして精致水洗シェリー樽発酵法とは、摘み取ったコーヒーチェリーをまず精致水洗処理し、水洗処理が終わった後にこれらの処理済みコーヒーチェリーをウィスキーを熟成させたシェリー酒樽に入れ、15-20℃程度の低温環境で30-40日間発酵させ、その後さらに陰干しする方法である；シェリー樽発酵精製方法により、コーヒーは驚くべき香りと濃厚な口当たりを持つ。コスタリカのミュージシャンシリーズのレーズンハニープロセスは、100%ペクチンを保持し水を一切使わない精製方法である。一般的には、コーヒーチェリーを収穫した後まず果皮を除去せず、そのまま乾燥ベッドに置いて天日干しし、レーズンのような状態にしてから果皮を除去し、ペクチンを保持したままさらに乾燥させる。この段階では、気候要因がハニープロセスの成功の鍵となる。
乾燥過程ではこれらのコーヒーチェリーを絶えず反転させ、乾燥を均一にする必要があるが、反転の頻度を適切に保ち、緩やかに乾燥させてコーヒーに発酵処理の特性を持たせつつ、遅すぎて過発酵になることを避けなければならない。；この甘みたっぷりのレーズンハニープロセスにより、コーヒーのフレーバーは白ワインのような口当たりとバランスの取れた酸味を持ち、発酵の香りも比較的豊かになる。
乳酸発酵は嫌気性の方法により、コーヒー発酵過程でより高濃度の乳酸菌を得るものである。コーヒーの最も理想的なフレーバーである「コク」、「高い甘み」、「キャラメル」、「ワインのような酸質」、「シルキーな口当たり」は、いずれも発酵過程における乳酸濃度に依存しているからである。
果皮の除去を開始する前に、チェリーを密閉タンクに入れる。糖度、温度、pH値を記録する；成熟したチェリーは高い糖度を持ち、空気中やコーヒーチェリー上に自然に存在する酵母や細菌に十分な食物を提供し、発酵を生じさせる。
この発酵の副産物の一つが二酸化炭素であり、タンクが密封されると徐々に二酸化炭素で満たされ、空気が排出される。こうした嫌気性条件（すなわち酸素がない状態）下で、生存する細菌が乳酸を生成するため、この名が付いた。乳酸発酵後、LPETはコーヒーチェリーを容器に入れて約70時間発酵させてから果皮を除去する。 コーヒーチェリーが乳酸発酵を経たかどうかを知りたい場合、最も簡単な方法は果皮と果肉を除去した後に豆を観察することである。すべてが順調に進めば、発酵過程で少量のアルコールも生じるため、果肉中のいくつかの色が豆に移る。
乾燥が終わったこれらのコーヒー生豆は、さらに人手による選別を経てからでなければ輸出できないのである！最終的な選別過程では、コーヒー生豆とコーヒーチェリーの比率は約1:85、つまりLPETは平均して85kgのコーヒーチェリーでようやく10kgの生豆を生産できる。
動物体内発酵法は、比較的残酷なコーヒー精製方法であり、最も典型的なものがジャコウネココーヒー（コピ・ルアク）である。ジャコウネコはしばしば夜間に現れ、視力と嗅覚を頼りに、最も成熟した最も赤いコーヒーチェリーの実だけを選んで食べ、消化できないコーヒー豆を糞便とともに体外に排出する。人々はこれらの糞便豆を清潔に加工処理した後に、これらの貴重な体内発酵豆を得るのである。
この精製方法は、動物の消化管に存在する乳酸菌と消化液を利用して、機械や水洗に代わって果肉や豆の荚（さや）表面に付着したペクチンを取り除くものであり、コーヒーのフレーバーと口当たりを一層引き立て、独自の発酵香を備えている。
